تنتخب الجمعية العمومية من بين أعضائها واحدا وثلاثين عضوًا لمجلس الأمناء بالإضافة إلى أربعة عشرة عضواً ينتخبهم مجلس الأمناء بتفويض من الجمعية العمومية. ويكون الرئيس ونوابه أعضاءً في مجلس الأمناء بصفاتهم.

ويجوز لكل عضو في “الاتحاد” الترشح لعضوية مجلس الأمناء إذا توفرت فيه الشروط الآتية:

1. مضي سنتين على الأقل في عضوية “الاتحاد” قبل الترشيح لعضوية مجلس الأمناء. 
2. أن يكون مسددا لاشتراكاته المالية السنوية للاتحاد.

في حال انتهاء عضوية أي من أعضاء مجلس الأمناء المنتخبين أو وجود مانع حال دون مباشرة عمله بالمجلس يتم تصعيد المرشح الحاصل على أعلى عدد من أصوات الناخبين ثم الذي يليه في الترتيب.

مدة عضوية مجلس الأمناء 4 سنوات قابلة للتجديد.

يختار مجلس الأمناء “بالاقتراع السري” من بين أعضائه أميناً عاماً وأميناً للصندوق لمدة 4 سنوات قابلة للتجديد مرة واحدة، ويختار الأمين العام أمناء مساعدين ويعرضهم على مجلس الأمناء للموافقة عليهم. 

يختار مجلس الأمناء لجنة أو أكثر من الشخصيات الإسلامية العامة المعروفة، من داخل أو خارج “الاتحاد”، منخرطة أو غير منخرطة فيه، تكون إحدى واجهات عمل “الاتحاد” في شأن القضايا الكبرى للأمة وإصلاح ذات البين كل ما دعت الحاجة إلى ذلك.

لمجلس الأمناء أن يشكل اللجان التي تقتضيها مهامه الخاصة من أعضائه أو من غيرهم من أعضاء “الاتحاد”.  وتقوم كل لجنة بما يتضمنه قرار تشكيلها من مهام.

اختصاصات مجلس الأمناء:

يمثّل مجلس الأمناء السلطة العليا للاتحاد بين جمَعيتين عموميتين، ومدّة دورته أربع سنوات.

مهام مجلس الأمناء:

لمجلس الأمناء مهام رئيسة يقوم بها بشكل مباشر أو عن طريق اللجان أو الأفراد الذين يكلفهم وهي:

1.     المهمة التشريعية الداخلية: وهي النظر في اللوائح والنظم الداخليّة المسيرة للاتحاد إنشاءً، وتعديلاً، وإلغاءً، واقتراح تعديل النظام الأساسي على الجمعية العمومية.

2.     المهمة الرقابية والمحاسبة: مراقبة المؤسسات والأجهزة والإدارات ولجان الاتحاد التنفيذية وتقييم أدائها ومحاسبتها على أعمالها.

3.     المهمة الانتخابية: تشكيل لجنة من القانونيين وذوي الخبرة، لتلقي الترشيحات والبحث عن المرشحين ووضع ضوابط الترشيح  والإشراف على العمليات الانتخابية للاتحاد.

صلاحيّات مجلس الأمناء.

للمجلس الصلاحيات اللازمة لتحقيق مهامه المنصوص عليها في النظام الأساسي وعلى وجه الخصوص له الصلّاحيات الآتية:

6-1: اعتماد الخطط والجدول الزمني لتنفيذ السياسات والأهداف الاستراتيجية التي أقرتها الجمعية العمومية وإقرار الخطة التنفيذيّة للاتحاد في ظل محددات الخطة الاستراتيجية التي أقرّتها الجمعيّة العموميّة.

6-2: اعتماد السياسات الماليّة للاتحاد وإقرار الموازنة السنويّة واعتماد الميزانيّة.

6-3: اعتماد اللّوائح الداخلية للاتحاد والتعديلات المقترحة بشأنها.

6-4: الدعوة لجمعية عمومية استثنائية بطلب من ثلثي أعضاء المجلس.

6-5: مراقبة المؤسسات والإدارات ولجان الاتحاد التنفيذية ومحاسبتها على نشاطاتها والتأكد من صحة سير أعمالها طبقا للنظام الأساسي.

اجتماعات مجلس الأمناء.

1: يحدّد الأمين العام بالتشاور مع رئيس الاتحاد موعد انعقاد مجلس الأمناء ومكانه، ويكون التبليغ بالموعد والمكان المحدّدين قبل شهر على الأقل.

2: يرسل الأمين العام جدول أعمال المجلس مرفقا بالوثائق والمستندات قبل عشرة أيام على الأقل من موعد الانعقاد.

3: يكتمل نصاب المجلس بحضور الأغلبية المطلقة لـأعضائه على أن يكون رئيس الاتحاد، أو أحد نوابه من بين الحضور.

4: إذا تغيّب أيّ عضو من أعضاء مجلس الأمناء، من غير الرئيس ونوابه، ثلاث مرّات متتالية عن اجتماعات المجلس الدوريّة أو الاستثنائيّة دون عذر يقبله المجلس تسقط عضو يّته في المجلس، ويتمّ تصعيد المرشح الحاصل على أعلى عدد من أصوات الناخبين ثم الذي يليه في الترتيب.

5: يشرف على إدارة وافتتاح جلسات المجلس عند انعقاده رئيس الاتحاد، أو أحد نوابه.

6: يكون الاقتراع والتصويت علنيّين ما لم يتعلّق بالأشخاص.

7: التصويت والاقتراع والانتخاب يقوم بها عضو المجلس بنفسه ولا يمكن فيها التفويض ولا الإنابة.

8: صوت رئيس الاتحاد مرجّح في حالة التساوي بين الأصوات.

9: للرئيس بعد التشاور مع الأمين العام أن يطلب إصدار القرارات المستعجلة بالتمرير وتعتمد قرارات التمرير بمصادقة أغلبية ثلثي الأعضاء.

10: إذا لم يحصل الاقتراح على الأغلبية، يمكن إدخال ملاحظات الأعضاء واقتراحاتهم عليه، ثم إعادة عرضه عليهم، فإن قُبل بالأغلبية وإلّا سُحب.