فلسفة لجنة الفتوى بالاتحاد تقوم على إعادة الاعتبار للفتوى بوصفها بيانًا لحكم الشرع في النوازل الفردية والجماعية، على أساسٍ يربط الحكم بدليله ومقصده، ويُراعي الواقع والمآلات وتحقيق المناط. وتسعى اللجنة إلى تجاوز الاختزال المعاصر للفتوى في المعالجات الجزئية والحرفية أو الحزبية والمذهبية، بإحيائها في خمسة مسارات: الكلي (الفتوى العامة)، والعالمي (اتساع دائرة النظر)، والموضوعي (تركيزها على النازلة ضمن إطار دليلي مقاصدي شامل)، والتكاملي المعرفي (الانفتاح على القانون والعلوم الإنسانية والاجتماعية والسياسية)، والمؤسسي (الاجتهاد الجماعي بمخرجات عملية). وتُترجم هذه الفلسفة عبر أطرٍ علمية وتدريبية وتشغيلية، ومن مشاريعها: الفتاوى المختارة في القضايا المثارة ودليل الفتوى الذي يضع معايير وإجرائيات منضبطة للإفتاء.